できました。
server.xmlにHostを追加すればいいだけでした。
<Host name="aaa.hogehoge.jp" appBase="aaa_webapps"/>
<Host name="bbb.hogehoge.jp" appBase="bbb_webapps"/>
nameの部分はApacheのVirtualHostと同じにします。
appBaseはこの書き方だと、もともとあるwebaapsと同じ階層になります。
で、ルートで動かすためにはコンテキスト名を「ROOT」にします。
ROOT.warでも作ってデプロイすればいいですかね。
といった感じでいけました。
